본 연구소는 21세기의 기후환경 및 생활환경의 변화에 따른 물환경의 변화로 인한 물 부족이나 수해의 빈발, 수질오염의 가속화 등으로 발생되는 물 문제를 해결하기 위하여 대운하, 수자원.수질관리, 상.하수 및 해수처리 등과 관련한 물환경 문제의 해결 및 개선에 기여하는 것을 목적으로 한다.

본 연구소는 소장과 실장을 각 1인씩 두며, 실장 산하 6개 부를 두고, 각 부 부장, 연구원, 보조연구원 약간 명을 둔다.

• 1 대운하 연구부 : 운하의 계획과 시설물의 운용에 따른 물이용 방안과 수질오염기구 규명 및 유지관리에 관한 연구수행
• 2 수자원 및 수질관리부 : 하천이나 호소의 활용에 따른 수질오염에 관한 연구수행; 폐수의 수질특성변화, 처리장 운전 및 공정기술 공동개발 연구
• 3 상수 및 중수처리부 : 상수처리부의 경우 지표수나 지하수 등을 이용하여 양질의 고급 음용수 생산을 위한 정수처리시설의 개발이나 개선을 연구하고,
  중수처리부의 경우 하.폐수를 고도처리하여 처리수의 재이용시설의 개발이나 개선에 관한 연구수행
• 4 하수 및 폐수처리부 : 생활하수, 도시하수, 도시유출수, 비점오염원 배출수, 산업폐수, 침출수 등의 처리시설의 신기술 개발, 기존 시설의 고도화 및 개선에 관한 연구수행
• 5 해수 처리부 : 해수의 담수화 시설의 개발 및 고율화에 관한 연구수행
• 6 슬러지 처리부 : 정수 및 하.폐수처리의 부산물인 슬러지 처리기술 개발이나 기존 처리시설고도화 및 개선에 관한 연구수행
• 7 물환경영향평가 및 조사부 : 점오염이나 비점오염원으로 인한 지표.지하수나 해수 등의 오염기구규명 및 개선에 관한 연구